МБОУ "Варгатёрская ООШ" является единственной школой в селе Варгатёр Чаинского района Томской области, в ней обучаются дети с 1 по 9 класс. Руководителем образовательной организации является Ушакова Алена Николаевна, учитель химии и биологии, психолог. Под руководством Алены Николаевны в школе работают 11 педагогов: 4 педагога начальных классов и 7 педагогов-предметников. Обучающиеся изучают базовые школьные предметы, посещают занятия внеурочной деятельности и дополнительного образования, принимают участие в различных конкурсах, соревнованиях, олимпиадах, организуют классные и общешкольные мероприятия, а также принимают активное участие в мероприятиях муниципального, регионального и федерального уровней. Обучающиеся могут вступить в различные объединения, организованные в школе: волонтёрское объединение "Источник добра", школьный социальный театр "Таланты", ЮИД "Патруль", отряд "ЮНАРМИЯ", "Движение Первых", а также "Орлята России".
В рамках федерального проекта "Современная школа" национального проекта "Образование" в 2022 году на базе школы был создан Центр образования естественно-научной и технологической направленностей «Точка роста». Работа Центра важна, так как основной ее целью является совершенствование условий для повышения качества образования, расширения возможностей обучающихся сельской школы в освоении учебных предметов — химия, биология, физика, программ дополнительного образования, внеурочной деятельности.
С 2023 года в школе открыт "Центр детских инициатив", который является местом притяжения школьников, центром формирования их креативного мышления, самореализации, профориентации, социализации. Здесь ребята и педагоги собираются, чтобы придумать или предложить что-то новое, обсудить идеи и принять совместные решения.
Школа одноэтажная, в ней функционируют 9 кабинетов и спортивный зал, школьная столовая ежедневно обеспечивает обучающихся горячим питанием, а в школьном дворе расположена спортивная площадка с современными тренажерами. Вокруг школы высажены деревья и кустарники, разбиты клумбы и огород, на котором летом ребята вместе с педагогами выращивают овощные культуры и цветы.
